История развития военного санатория «Крым» берет свое начало с организации военной здравницы «Фрунзенское».

После освобождения Крыма от немецко-фашистских захватчиков постановлением Совнаркома земли и хозяйство бывшего колхоза им. Молотова, расположенные в Партенитской долине, передаются Военной академии им. М.В. Фрунзе для организации дома отдыха, пионерского лагеря и подсобного хозяйства. Первоначально Дом отдыха функционировал на 75 мест.

25 мая 1946 года сформирован и открыт Дом отдыха венной академии Красной Армии имени М.В.Фрунзе на 75 мест на основании Решения Совета народных комиссаров СССР от 27.04.1944 г. № 15973-Р и Директивы начальника штаба тыла Красной Армии от 19.04.1946г. № ШТ-3/489.

25 мая 1947 года объявлено полное действительное наименование : Дом отдыха Краснознамённой ордена Ленина, ордена Суворова I степени военной академии имени М.В.Фрунзе

28 декабря 1961 г. по инициативе Главнокомандующего Ракетными войсками стратегического назначения, Маршала Советского Союза Москаленко К.С. принимается решение о строительстве санаторного комплекса. Дом отдыха переформировывается в военный санаторий «Фрунзенское». Генеральный план санатория был разработан Центральным Военпроектом МО СССР, основные сооружения были запроектированы под руководством Заслуженного архитектора РСФСР Новосадова В.М.

В последующие годы большую роль в жизни и развитии санатория сыграли Главнокомандующий РВСН, Маршал Советского Союза Крылов Н.И. и его заместители: генерал-полковник Толубко В.Ф., генерал-лейтенант Пономарев М.И.

Первым начальником санатория «Фрунзенское» был назначен полковник медицинской службы Гольберг И.Л.

20 июня 1962 г. военный санаторий «Фрунзенское» принял первых отдыхающих – офицеров-ракетчиков.

В 1966 году коечная емкость санатория достигла 750 мест.

В 1973 году по инициативе и под личным руководством Министра обороны СССР, Маршала Советского Союза Гречко А.А. у самого подножия горы Аю-Даг, в Партенитской долине, на берегу моря, было начато грандиозное строительство военного санатория «Крым». Автором проекта санаторного комплекса и всего поселка Партенит являлся заслуженный архитектор РСФСР Кривущенков Ю.Г., главным инженером проекта – Крейнин М.Л. Все здания и сооружения были запроектированы и построены согласно условиям строительства в сейсмической зоне с сейсмичностью 8 баллов.

22 августа 1974 г. в торжественной обстановке был официально открыт Центральный военный санаторий «Крым» Министерства обороны СССР.
На открытии санатория присутствовал Министр обороны, Маршал Советского Союза Гречко А.А. и другие военачальники. Первым начальником санатория «Крым» был назначен начальник Алуштинского военного санатория полковник медицинской службы Рамишвили А.Ф.

Первоначально санаторий «Крым» принимал на отдых и лечение Министров обороны, генералов, офицеров стран Варшавского Договора и высших военачальников, дружественных СССР стран – Индии, Ирака, Югославии, Финляндии и других.

В дальнейшем в санатории стали отдыхать офицеры Вооруженных Сил СССР и члены их семей, а также офицеры из стран Варшавского Договора.
Оба Центральных военных санатория были лучшими в системе здравниц Министерства обороны СССР.

Одновременно со строительством санатория развивалась и парковая зона. В давние времена на этом месте располагались парк, сад и виноградники наследников русского полководца, генерала кавалерии, дворянина Николая Николаевича Раевского.

Парк санатория, созданный в ландшафтном стиле, богато представлен различными растительными группировками и рощами хвойных и лиственных пород. В нем собраны около 300 видов, разновидностей и форм растений, в том числе, около 200 экземпляров деревьев долгожителей, век которых от 70 до 150 лет. Парковые растения это великая, научная, эстетическая и лечебная ценность.

Уникальность парка состоит в том, что он спроектирован максимально с видом на море и на территории парка практически отсутствуют хозяйственные постройки.

В здравнице широко применяться такой метод лечения, как аэрофитотерапия, основанный на вдыхании воздуха, насыщенного летучими веществами – фитонцидами, выделяемыми растениями. В парке санатория учеными Никитского ботанического сада было выделено 8 лечебных зон: «Сосна алепская», «Кипарис аризонский», «Орех грецкий», «Сосна итальянская», «Кедр гималайский», «Ленкоранская акация», «Кедр атласский», «Естественный лесной участок». Ценность парка, как лечебного центра, значительно возросла для больных с болезнями органов дыхания, легочными, сердечно-сосудистыми и нервными заболеваниями. Ведущими факторами лечения являются: морской воздух, насыщенный целебными фитонцидами, горный ландшафт Крыма и теплые юго-восточные ветры, а также современные методы диагностики и лечения.

В 1998 г. путем объединения Центрального военного санатория «Крым» и Центрального военного санатория «Фрунзенское» создается Центр медицинской реабилитации и санаторного лечения «Крым». Начальником Центра «Крым» был назначен полковник медицинской службы Свирщук Н.С.

В июне 2000 года начальником санатория был назначен полковник медицинской службы, кандидат медицинских наук Барамия Г.Ш.

С апреля 2014 г., после присоединения Крыма к России, Центр «Крым» реорганизуется в Федеральное государственное бюджетное учреждение «Военный санаторий «Крым» Министерства обороны Российской Федерации.

С января 2015г начальником санатория назначен Клемешев Владимир Борисович.

Командованием санатория взят курс на реконструкцию спальных корпусов, повышение комфортности номеров, обновление и совершенствование лечебно-диагностической базы с учетом последних достижений в медицинской отрасли. Первостепенное внимание в здравнице уделяется созданию наилучших условий для оздоровления отдыхающих, их лечения и культурного досуга.

Начался новый этап в жизни санатория, открывающий широкие горизонты дальнейшего развития и перехода в новое качество всей лечебно-диагностической базы, номерного фонда санатория, активного внедрения современных методов лечения.